Для запуска GAMESS на кластере ФГБНУ ТИСНУМ нужно выполнить команду
rungms input_name ncpus
где input_name - имя входного файла, ncpus - количество ядер для выполнения расчета, таким образом пример запуска файла input.inp на 16 процессорах будет выглядеть следующим образом:
rungms input.inp 16
После чего в рабочей папке появится файл output
Не забываем перед каждым запуском программы проверять папку /home/$USER/work/scr, если там что-то есть, то нужно ее полностью очистить(!), и только потом запускать программу.
rungms input_name ncpus
где input_name - имя входного файла, ncpus - количество ядер для выполнения расчета, таким образом пример запуска файла input.inp на 16 процессорах будет выглядеть следующим образом:
rungms input.inp 16
После чего в рабочей папке появится файл output
Не забываем перед каждым запуском программы проверять папку /home/$USER/work/scr, если там что-то есть, то нужно ее полностью очистить(!), и только потом запускать программу.
Спасибо! Офигенный блог! +1
ОтветитьУдалитьу меня возникло несколько вопросов это GAMESS 2012 R1?
выложи плиз правленный rungms!
1. я изменял только u1/mike, SCR, GMSPATH, путаница возникла с if ($NCPUS==1) и т.д. долго шаманил
2. в actvte.f убрал *UNX в начале строк (не уверен что это обязательно
три дня собирал и наконец собрал только SMP версию GAMESS 2012, и то тестил тольько на виртуалке 32 на 2 процах вроде грузил оба на 100%
3. sanya на chemport.ru писала что в 2011 версии шаманили еще с libddi.a собирала как mixed. Вообщем масса вопросовю. У нас в универе есть нов кластер, тоже надо будет скомпилить в ближайщее время. Поэтому ваш блог как никогда кстати...
С уважением, Дмитрий!
Спасибо большое за мнение:) Приятно, что кому-то это поможет :)
ОтветитьУдалитьНасчет версии: на выходе выдает GAMESS VERSION = 11 AUG 2011 (R1). На самом деле не уделял этому особого внимания, но получили его приблизительно весной 2012 года.
Далее, изменял я только файл rungms, остальные я не трогал. На разных форумах пишут, что там надо то поменять, другое поменять, я пробовал, ничего не получалось, все равно все упиралось в rungms. libddi.a я не трогал вообще, как его получил, так и все.
Сегодня или завтра выложу запись про rungms, как и чего там.
В 2012 гораздо интереснее, там еще все более запутано. по стафу вот еще ссылки :
ОтветитьУдалитьhttp://molecularmodelingbasics.blogspot.com/2010/08/compiling-gamess-on-linux-pc.html
http://www.chemsoft.ch/qc/compile.html
http://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=71&t=82963
http://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=71&t=89345
У меня вопрос если я компилировал SMP (sockets) версию на PC, то можно на ПК скомпилить mpi версию, или mpi это только для разделяемой памяти, т.е. для кластеров. Попробуйте кстати установить 2012 версию на кластер, там много новых фичей
Хорошо, возможно, попробую ее скачать и установить, когда время появится.
ОтветитьУдалитьСпасибо, за ссылки, но я их уже все смотрел сам, когда занялся вопросом установки.
На ПК можно скомпилировать mpi версию, если установлен Intel MPI или же OpenMPI, но с ним я не работал, да и в config OpenMPI нельзя указывать, как я понял.
Проблем с MPI не должно быть.
Вот эта ссылка весьма полезной оказалась
http://software.intel.com/en-us/articles/building-gamess-with-intel-compilers-intel-mkl-and-intel-mpi-on-linux/