Установка SIESTA под Ubuntu

Будем производить установку параллельной версии SIESTA-3.1-rc2 а также SIESTA-TRUNK-364, потому что не параллельную может установить каждый, да и это не интересно.

Прежде всего, перед установкой, надо убедиться, что стоят следующие пакеты:

Intel^® Fortran Compiler 12.0

Intel^® Math Kernel Library 10.3

Intel^® Debugger

Эти пакеты находятся в Intel^® Fortran Composer XE 2011 for Linux

Скачиваем его и устанавливаем, если есть трудности в установке, то можно воспользоваться пособием (http://conquer-ur-computer.blogspot.com/2010/12/install-intel-fortran-c-ifort-icc-in.html).

Далее, нужно установить

Intel^® C++ Compiler 12.0

Intel^® Integrated Performance Primitives

Intel^® Parallel Building Blocks

Эти пакеты можно скачать отсюда Intel^® C++ Composer XE 2011 for Linux

Устанавливаются также, как и Fortran.

Далее нужно отредактировать системный файл, для этого пишем

vi ~/.bashrc

и записываем в него строчку

export PATH=$PATH:/opt/intel/bin/

Первый этап закончен.

Далее, нам необходимо установить gfortran и Fortran 77. Сделать это нам поможет менеджер пакетов Synaptic. Необходимо найти и добавить следующие пакеты 

libmpich2-2

libmpich2-dev

mpich2

mpich2-doc

А также хорошо бы добавить еще

debhelper (>= 7)

cdbs

gfortran

txt2man

libxt-dev

x11proto-core-dev

default-jdk

quilt

procps

libhwloc-dev

hwloc-nox

libcr-dev

Если все получилось установить, то тогда можно приступать и к установке самой программы SIESTA. Но, для начала перезагружаемся:)

После перезагрузки распаковываем архив, далее по инструкции в /Obj/README

После того, как мы получили arch.make в директории Obj, нужно его немного поправить, длят ого, чтобы прописать в нем правильные пути в нашим MKL библиотекам.

Для начала нужно проверить, нашел ли он библиотеки mpi, смотрим, если есть строчка 

 

MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a

 

значит все в порядке, если нет, то надо разбираться индивидуально.

Начинаем редактирование. Здесь я приведу свой собственный способ задания пути для MKL библиотек. 

Для начала комментируем или удаляем стандартные прописанные пути к библиотекам 

 

#BLAS_LIBS = 

#LAPACK_LIBS =

#BLACS_LIBS =

#SCALAPACK_LIBS = 

 

Кроме

 

COMP_LIBS=

 

и записываем:

 

MKLROOT = /opt/intel/mkl

STAT_LIBS = $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_scalapack_core.a  -Wl,--start-group $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_intel.a $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_sequential.a $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_core.a $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_blacs_intelmpi.a -Wl,--end-group -lpthread

DYN_LIBS = -L$(MKLROOT)/lib/ia32 -lmkl_scalapack_core  -Wl,--start-group -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi -Wl,--end-group -lpthread

 LIBS=$(STAT_LIBS) $(DYN_LIBS)

 

Все, готово:) Библиотеки были скачаны и прописаны для архитектуры IA-32 и компилятора, соответственно, Intel Fortran. 

Чтобы правильно прописать пути к библиотекам, можно воспользоваться удобным сервисом Intel® Math Kernel Library Link Line Advisor.

Теперь нужно скачать программу mpi-selector, для того, чтобы можно было переключать параллельные окружения. Установить его можно использую программу yum

yum install mpi-selector

или же скачать OFED пакет и установить оттуда (https://www.openfabrics.org/downloads/OFED/).

Далее необходимо произвести установку Intel® MPI Library. Пакет, по большому счет, платный, но для систем Linux можно скачать бесплатную 30-дневную версию и установить ее, все будет работать. Почему 30-дневная? Потому что ее нельзя будет установить после 30 дней с момента скачивания, а работать она будет сколь угодно долго. 

Установив пакет можно проверить, установилось ли Intel MPI окружение. Проверяем через mpi-selector:

Теперь можно делать make, и все будет работать:) 

Удачи!